Greene trabajó para el MI6 británico durante la Segunda Guerra Mundial, en una época en que varios escritores (como Somerset Maugham) hacían lo propio. Fue asignado a Freetown (Sierra Leona), donde su misión consistía en supervisar actividades de inteligencia en África Occidental. Esta experiencia le sirvió de materia prima para novelas como El ministerio del miedo o Nuestro hombre en La Habana, donde satiriza los entresijos de la burocracia del espionaje británico.
Uno de los aspectos más polémicos de su vida fue su cercanía con el agente doble Kim Philby, quien traicionó al Reino Unido al pasar información a la Unión Soviética durante décadas. Greene trabajó brevemente bajo su dirección y, cuando Philby fue descubierto y se exilió en Moscú, Greene le mantuvo la amistad. Incluso lo visitó en la URSS, defendió su figura públicamente y escribió el prólogo de sus memorias, algo que generó una gran controversia en el Reino Unido.
Su conversión al catolicismo no fue ni fervorosa ni convencional. Greene estaba obsesionado con el pecado, la gracia y la redención, pero se declaraba escéptico, e incluso blasfemo, en muchos aspectos. Su visión de la religión es compleja: veía la fe como una fuente de sufrimiento y verdad al mismo tiempo. En novelas como El poder y la gloria o El fin del romance, la lucha entre el deber religioso y el deseo humano se vuelve el núcleo dramático. Los sectores conservadores de la Iglesia llegaron a denunciar sus novelas como heréticas.
Greene se sintió atraído por los lugares en conflicto: visitó la Indochina colonial, el Haití de los Duvalier, el Congo tras la independencia, el México de Plutarco Elías Calles, la Cuba de Batista y la Revolución. Le gustaba viajar a zonas peligrosas y no escondía su fascinación por las revoluciones, las dictaduras y la ruina moral. Decía que prefería «los países donde no se puede beber agua del grifo».
Aunque se casó con Vivien Dayrell-Browning, su matrimonio fue un fracaso. Vivió múltiples aventuras amorosas, algunas intensas y duraderas, como la que tuvo con Catherine Walston, esposa de un noble británico. Su novela El fin del romance se inspira directamente en esa relación. Greene confesaba que la pasión era para él inseparable del tormento moral, y que el amor sólo le interesaba cuando traía consecuencias devastadoras.
Pese a su fama y prestigio, Greene se mantuvo a distancia de las instituciones oficiales. Rechazó varios honores, entre ellos el título de Sir, y criticó abiertamente la política británica, sobre todo en Vietnam, donde denunció el intervencionismo de EE. UU. en El americano impasible. Fue un crítico incómodo y una figura admirada tanto por la izquierda como por sectores del catolicismo progresista.
Aunque era profundamente moral, Greene se rehusaba a ser moralista. En sus novelas los héroes son débiles, adúlteros, traidores, bebedores, cobardes… y sin embargo humanos, complejos, capaces de un acto de gracia o de redención. Su escritura rechaza los juicios simplistas y prefiere el matiz, la ambigüedad, lo inestable. Fue uno de los grandes retratistas del alma en conflicto del siglo XX.
En sus últimos años, Greene vivió en Suiza por razones fiscales, pero también para evitar el ruido mediático y la política británica de Thatcher, que detestaba. Aunque seguía escribiendo y recibiendo visitas, se volvió cada vez más melancólico. En una entrevista confesó: “He perdido el interés en todo salvo en la muerte. Es lo único que me queda por descubrir”.