Su padre, Michel de Crayencour, era un hombre culto, amante del arte, jugador y libertino que decidió educarla personalmente. Le prohibió leer novelas antes de los ocho años, la inició en el latín, el griego y la poesía clásica, y le inculcó una visión estética de la existencia. La relación entre ambos fue tan estrecha que Marguerite nunca dejó de rendirle homenaje, ni siquiera al asumir un seudónimo que jugaba con su apellido.
Yourcenar comenzó a trabajar en Memorias de Adriano hacia 1924, pero abandonó el proyecto. Fue Grace Frick quien la animó a retomarlo tras hallar viejos borradores. El resultado fue una obra monumental, escrita en una prosa cuidadosamente cincelada, que Yourcenar reescribió varias veces hasta alcanzar el tono de meditación estoica que la consagró. Dedicó años al estudio de epígrafes romanos, tratados históricos y filosofía antigua, hasta lograr una autenticidad casi mística. La primera edición fue rechazada por Gallimard.
Tras su llegada a EE. UU., se integró plenamente en la vida intelectual estadounidense. Enseñó literatura comparada, tradujo obras, y fundó con Grace Frick un hogar en Mount Desert Island, donde llevó una vida tranquila, dedicada al estudio y a sus gatos. Nunca volvió a instalarse definitivamente en Europa, aunque viajó esporádicamente. Detestaba la banalidad de la vida social parisina.
Vivió durante casi cuarenta años con su compañera Grace Frick, quien también fue su traductora al inglés y su colaboradora literaria. Aunque no hablaban abiertamente de su relación, era conocida por su círculo íntimo. Tras la muerte de Frick, Yourcenar no volvió a compartir su vida con nadie. Siguió residiendo sola en Maine, en la casa que ambas habían levantado en la naturaleza, rodeada de libros, cuadernos y retratos.
Paradójicamente, Yourcenar, pese a su origen y su influencia en la literatura francesa, no tuvo pasaporte francés hasta que fue elegida miembro de la Academia. Durante décadas conservó su nacionalidad belga y su residencia estadounidense, lo que le granjeó críticas de los sectores más conservadores de Francia. Su elección en la Academia provocó tanto entusiasmo como recelo, en parte por su independencia y en parte por su sexualidad.
En toda su obra, Yourcenar mostró una constante meditación sobre la fugacidad de la existencia, el suicidio, la vejez, el dolor y la desaparición. Admiraba a autores estoicos y místicos, como Marco Aurelio o Simone Weil. En Opus Nigrum, recrea la figura de un médico renacentista que renuncia a la gloria por la sabiduría. También tradujo y estudió textos orientales, convencida de que la literatura debía elevar la conciencia humana.
Yourcenar se rodeaba de pequeños objetos simbólicos: piedras, plumas, conchas. Los animales, especialmente los gatos, fueron parte importante de su mundo. Tenía varios, todos con nombres literarios, y les atribuía un aura mística. Creía que los animales eran manifestaciones de una inteligencia no humana que los hombres habían olvidado observar.
A pesar de su racionalismo, su obra posee un lirismo espiritual que dialoga con lo sagrado desde una óptica humanista. Fue una admiradora del pensamiento oriental, especialmente del budismo, y se declaraba «no religiosa, pero profundamente espiritual». Su meditación sobre el tiempo y la identidad personal la convierte en una figura muy singular en el panorama del siglo XX.
Le Labyrinthe du monde, una trilogía autobiográfica, fue su gran proyecto final. Publicó dos volúmenes: Souvenirs pieux (1974) y Archives du Nord (1977). El tercero, que debía cerrarla, quedó inconcluso. En ellos recorre la historia de su familia con la misma mirada con la que reconstruyó a emperadores y alquimistas: entre la memoria y la contemplación filosófica.