Desde niño, Milton destacó como un estudiante excepcional, con un dominio precoz del latín, griego, hebreo y varios idiomas europeos. Se formó en St. Paul’s School y, posteriormente, en el Christ’s College de Cambridge, donde estudió teología, filosofía y literatura. En Cambridge, tuvo como mentor a William Chappell, aunque su estancia en la universidad estuvo marcada por la tensión con algunos de sus profesores debido a su carácter independiente y su desdén por la rígida disciplina académica. Milton llegó incluso a ser temporalmente expulsado por un altercado con su tutor.

Al finalizar sus estudios, en lugar de seguir la carrera eclesiástica, como se esperaba de él, optó por una vida dedicada al estudio y la escritura. Entre 1638 y 1639, realizó un extenso viaje por Europa, visitando Francia e Italia, donde conoció a intelectuales y artistas como Galileo Galilei, a quien admiraba profundamente. Sin embargo, su viaje fue interrumpido cuando estalló la Primera Guerra Civil Inglesa, lo que lo llevó a regresar a Inglaterra.

Milton se sumergió en el turbulento contexto político de su época y se convirtió en un ardiente defensor del republicanismo y la libertad de expresión. Se unió al bando parlamentario, apoyando a Oliver Cromwell y escribiendo vigorosos tratados en favor de la abolición de la monarquía y la reforma eclesiástica. En 1644, publicó «Areopagitica», un apasionado alegato contra la censura, considerado uno de los textos más influyentes en la historia de la libertad de prensa.

A diferencia de muchos de sus contemporáneos, Milton nunca fue un hombre sociable ni bohemio. Su vida estuvo marcada por un carácter austero y una profunda devoción intelectual. Aunque se casó tres veces, sus relaciones conyugales fueron conflictivas, especialmente con su primera esposa, Mary Powell, quien lo abandonó temporalmente poco después de casarse. Esta experiencia inspiró su defensa del divorcio en tiempos en los que la separación matrimonial era impensable.

Su amistad con Andrew Marvell, poeta y político, fue clave para su supervivencia tras la Restauración de la monarquía en 1660, pues Marvell intercedió para evitar que Milton fuera ejecutado por haber sido secretario del gobierno de Cromwell.

Milton visitó a  Galileo Galilei en su residencia en Florencia cuando el científico estaba bajo arresto domiciliario. Este encuentro dejó una huella en El paraíso perdido, donde menciona el telescopio de Galileo como símbolo del deseo de conocimiento.